Jusqu'en mai 2001, Alter Eco vendait ses produits dans un magasin situé au 5-7 rue des Innocents à Paris. Ce magasin a été fermé (en mai 2001) car la société a décidé de réorienter son activité vers la vente à la grande distribution. En effet, ce circuit de distribution est demandeur de produits issus du Commerce Equitable depuis le lancement réussi du café labellisé Max Havelaar (depuis 1998) dans la majorité des enseignes de la grande distribution.

Le choix de distribuer en grande surface a été critiqué par des acteurs du commerce équitable qui considèrent la grande distribution comme étant de toute façon non équitable.
Néanmoins, cette stratégie a sans aucun doute contribué à rendre visible le commerce équitable auprès du grand public.

Alter Eco entretient des relations commerciales avec 24 coopératives dans 18 pays différents.