Le concept, apparu au début des années 90, a donné lieu à une certification mise en place par l'AFNOR en 2005.
Quatorze exigences environnementales (cibles) viennent définir cette démarche. Elles portent sur le respect et la protection de l'environnement extérieur, ainsi que la création d'un environnement intérieur satisfaisant, c'est-à-dire confortable et sain.
Ces cibles sont les suivantes : la relation harmonieuse des bâtiments avec leur environnement immédiat, le choix intégré des procédés et produits de construction, des chantiers à faible nuisance (déchets, bruit, pollution), la gestion de l'énergie, la gestion de l'eau, la gestion des déchets d'activité, la gestion de l'entretien et de la maintenance, le confort hygrothermique, le confort acoustique, le confort visuel, le confort olfactif, les conditions sanitaires des espaces, la qualité de l'air et la qualité de l'eau.
La HQE fait l'objet de critiques, de la part notamment, de certains architectes qui l'estiment trop facile à obtenir : il suffit de valider quelques uns des critères et pas nécessairement les plus essentiels pour être certifié.